Έλαβε την ειδικότητα του χειρουργού-εντατικολόγου. Στα φοιτητικά του χρόνια, η πολιτική του δραστηριότητα σημαδεύτηκε από έντονη συνδικαλιστική δράση. Ξεκίνησε ως μέλος της ΚΝΕ, από την οποία αποχώρησε το 1989, διαφωνώντας με την συμμετοχή του ΚΚΕ στην κυβέρνηση Τζαννή Τζαννετάκη. Παράλληλα, διετέλεσε μέλος του Συλλόγου Φοιτητών Ιατρικής «Γρηγόρης Λαμπράκης» και του Κεντρικού Συμβουλίου της Εθνικής Φοιτητικής Ένωσης Ελλάδος. Ο Παύλος Πολάκης είναι παντρεμένος με την Δώρα Τσούκα και μαζί έχουν αποκτήσει δύο κόρες, την Σταυρούλα και την Πέρσα. Στην συγκυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑ - ΑΝΕΛ (Ιούλιος - Αύγουστος) διετέλεσε Υφυπουργός Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης. Από τον Σεπτέμβριο του 2015 έως τον Ιούλιο του 2019 διετέλεσε Αναπληρωτής Υπουργός Υγείας.